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CUTANA CUT RUN Assays 实现超敏基因组定位

更新时间:2024-05-22

简要描述:

蛋白质和核酸是构成生命体最为重要的两类生物大分子,二者间的相互作用一直是分子生物学研究的中心问题之一。研究细胞内蛋白质-DNA相互作用的常用方法是染色质免疫沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP) ,同时ChIP还常被用于确定基因组上与组蛋白修饰相关的特定位点(即组蛋白修饰酶的靶标)。

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蛋白质和核酸是构成生命体最为重要的两类生物大分子,二者间的相互作用一直是分子生物学研究的中心问题之一。研究细胞内蛋白质-DNA相互作用的常用方法是染色质免疫沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP) ,同时ChIP还常被用于确定基因组上与组蛋白修饰相关的特定位点(即组蛋白修饰酶的靶标)。但是由于ChIP存在高细胞需求量、技术难度大、成本高、深度测序、数据质量差以及变量大等缺点,在实际应用的过程中局限颇多。


核酸酶靶向切割和释放(Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease, CUT&RUN)是表观遗传学的一种新型技术方法,在蛋白质-DNA的相互作用以及组蛋白翻译后修饰(PTMs)的基因组定位研究中取得突破性进步。CUT&RUN对传统的ChIP检测方法进行了重大的修改,消除ChIP固有的一些缺点,简化工作流程,跳过了ChIP-seq中包括染色质片段化和抗体pull down等非常具有挑战性步骤,用更少的细胞量和测序读数获取更佳的数据。


对于新用户,CUTANA™ CUT&RUN提供了您开展实验所需要的一切,包括简单易上手的实验套装、实验方案以及验证过的抗体等等,实验操作流程如下:


 CUT&RUN工作流程  

固定细胞
CUTANA CUT RUN Assays 实现超敏基因组定位
添加抗体和pAG-MNase(Protein A-Protein G-微球菌核酸酶)
激活MNase并切割DNA
结合抗体的复合物扩散至溶液中
准备测序文库
测序


 为什么选择CUTANA™ CUT&RUN?

如下图所示,CUTANA™ CUT&RUN在使用更低测序读数的同时,结果要更优于ChIP-seq。

CUTANA CUT RUN Assays 实现超敏基因组定位

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 CUTANA™ CUT&RUN优势:

节省了10倍的测序成本,省时高效。(与ChIP-seq相比)

低细胞需求量。(低至5k)

可作用于多种多样的靶标和样本类型,

操作流程简单易上手。

测序结果信噪比高。

实验可重复性好。


CUT&RUN可以用于研究多种类型的靶标,包括转录因子、染色质相互作用蛋白和组蛋白翻译后修饰,还为一些研究染色质重塑等十分具有挑战性的目标提供了机会。


下图为具有代表性的基因组浏览轨迹,展示了使用K562细胞的CUTANA CUT&RUN结果。通过将每个样本中约300-800万个测序reads用于表观遗传学的各靶标,可以观察到具有期望分布面的清晰峰。

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EpiCypher的CUTANA™ CUT&RUN AND LIBRARY PREP KITS为用户提供了染色质定位实验的细胞-测序解决方案,该试剂盒包含了从细胞到测序流程中所有必要的对照以及验证试剂,充分确保实验能够获得高质量数据。

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CUTANA™系列的所有试剂均经过测试和验证,适用于本公司CUTANA™ CUT&RUN优化后的工作流程。

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试剂盒等均可单独购买。


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和染色质重塑。


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 SNAP Spike-ins:表观基因组学中的核小体定量对照  

SNAP Spike-ins将含有DNA条形码且携带组蛋白(已翻译后修饰)的半合成核小体作为表观基因组学分析的定量峰值对照,提高了分析可靠性的同时,还实现了精确样本的标准化。此外,SNAP Spike-ins不仅优势多,而且使用范围广,可适用但不局限于以下方面:

√  与CUT&RUN、CUT&Tag、和ChIP-seq测定兼容;

√  抗体特异性分析验证,可原位操作;

√  监测分析性能,可持续监测检测情况;

√  定量样本比较,可直接定量读数;

√  故障排除实验。

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上图为产品SNAP-CUTANA™ K-METSTAT PANEL,该产品包含了15个携带疾病相关赖氨酸甲基化修饰的dNucs(即含DNA条形码的半合成核小体)和一个未经修饰的dNucs对照。



如需了解更多详细信息或相关产品,请联系EpiCypher中国授权代理商-欣博盛生物

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